La Comisión Nacional de Evaluación y Acreditación Universitaria (CONEAU) aprobó el Doctorado en Ingeniería de la UNER en sus tres menciones: Ciencias Agropecuarias, Ciencia y Tecnología de Alimentos, y Bioingeniería.
El proceso se realiza a través de la evaluación del Comité de Pares que visita las Facultades y trabaja con las autoridades, el cuerpo docente y algunas áreas administrativas. Luego, el comité realiza un informe técnico según los criterios establecidos para la acreditación de carreras de posgrado en funcionamiento.
La acreditación del Doctorado en Ingeniería de la UNER se realizó por 6 años y contempla las recomendaciones técnicas realizadas por el Comité de Pares y los compromisos asumidos para el mejoramiento de la calidad de la carrera.