El Departamento Contable depende la Secretaría de Economía y Finanzas y tiene a su cargo las siguientes actividades:

• Facturación y cobro de los servicios a terceros.
• Compras y contrataciones de bienes y servicios.
• Pagos a proveedores de bienes y servicios.
• Manejo económico financiero y administrativo del comedor universitario y  del campus de la UNER en Oro Verde.

Es posible acceder a las licitaciones vigentes a través del Portal de compras públicas de la Universidad Nacional de Entre Ríos: compras.uner.edu.ar